Quando Neo Córtex foi derrotado por Crash na última aventura, sendo arremessado para fora de seu dirigível, cai dentro de uma caverna escura e úmida. Ao acender um fósforo, vê um róseo e gigantesco cristal, o que faz com que ele tenha uma idéia, mas não são revelados mais detalhes, pois o fogo se apaga.
Um ano depois, N.Córtex projeta uma estação espacial, onde passa a trabalhar com seu novo assistente, o cibórgue N. Gin. N. Gin diz a Córtex que, para que seu plano de ativar um novo e melhorado Vórtice de Córtex uma máquina para fazer lavagem cerebral nas criaturas, como visto no jogo anterior funcione, são necessários mais 25 cristais. Ele também diz que será impossível recuperá-los, já que nenhum operante sobrou na Terra. Córtex então responde com a frase "Se não há nenhum amigo na superfície, então devemos achar... um inimigo".
Enquanto isso, na Terra, Crash descansa ao lado da irmã caçula, Coco, que digita em seu laptop. Repentinamente, a bateria do laptop acaba, e Coco manda Crash ir buscar uma nova. No caminho, Crash é abduzido por Córtex, que diz a Crash ter desistido do mal e que, em uma de suas pesquisas científicas, descobriu que uma força misteriosa está prestes a destruir o planeta e a única maneira de contê-la é coletando cristais espalhados pelas Ilhas Ele também diz que o Dr. Nitrus Brio é o criador desta força e que fará de tudo para impedir que Crash pegue os cristais. Porém, em certo ponto da história, o próprio Brio aparece para Crash, que resolve se vingar de Córtex devido a esta acusação injusta, dizendo para ele coletar os diamantes ao invés dos cristais para que possa ativar um gigantesco canhão a laser para que possa destruir a estação espacial de N.Córtex. Mas para impedir Crash de coletar os cristais, ele cria o musculoso tiny tigre
Quando Crash coleta todos os cristais, Coco finalmente consegue contar para ele as verdadeiras intenções de Córtex, e Crash batalha com ele no lado de fora de sua estação espacial, derrotando
